Ryuko Matoi on tyttö, joka kulkee kaikkialle kantaen suurta punaista saksen puolikasta, etsien toisen puolikkaan kantajaa, isänsä murhaajaa.

Honnojin instituutti on keskus, jossa kauhu hallitsee, ja jonka opiskelijaneuvoston puheenjohtaja, Satsuki Kiryuin, käyttää voimakkaan univormunsa voimaa tuhotakseen kenet tahansa, joka asettuu hänen tielleen.

Kärsittyään murskaavan tappion Satsukin käsissä, Ryuko päättää että on aika alkaa käyttää riivattua koulupukua, Senketsua, joka antaa hänelle erikoiskykyjä.

Nyt on Ryukon tilaisuus pysäyttää Satsukin ja opiskelijaneuvoston tyrannia, vapauttaakseen Honnojin instituutin heidän rautaisesta otteestaan, mutta myös paljastaakseen totuuden isänsä kuoleman takana.