Kävellessään rannalla sisarensa ja lapsuudenystävänsä Shuntaron kanssa, Yui löytää hiekalta makaamasta mysteerisen pojan, joka on tajuton. Herättyään tämä poika on unohtanut kaikki muistot elämästään ja identiteetistään paitsi yhden: hänen nimensä on Sid.

Mutta hänen identiteettinsä ei pysy salassa kauaa, sillä he nopeasti saavat selville, että Sid on yksi Japanin hallituksen kehittämistä aseista, jotka tunnetaan nimellä “Uncanny Brains”, koska hänen voimansa vapautuvat heidän edessään ja uhkaavat lopettaa rauhan, joka on aina vallinnut heidän saarellaan.